La dernière année de sa vie, Bacon voit sa santé se détériorer en raison de son asthme et de son opération en 1989 d’une tumeur cancéreuse aux reins.

En avril 1992, l’artiste se rend à Madrid pour voir son ami José Capelo, malgré l’avis défavorable de son médecin. Peu après son arrivée, il tombe gravement malade. Il est admis à la Clínica Ruber pour une pneumonie aggravée par son asthme et y succombe d’une crise cardiaque, le 28 avril, à l’âge de 82 ans.

À Londres, sa dernière grande toile, un autoportrait poignant, reste inachevée sur un chevalet dans son atelier de Reece Mews. Lors d’un hommage à l’artiste, Sir Nicholas Serota, alors directeur de la Tate Gallery, déclara : « Francis Bacon n’était pas seulement le plus grand peintre britannique de sa génération, il était également reconnu mondialement comme l’un des artistes les plus exceptionnels de l’après-guerre. »

Bacon lègue tout son patrimoine, y compris son atelier de Reece Mews, à John Edwards. C’est à la demande de ce dernier que l’artiste et créateur de vitraux, Brian Clarke, est nommé unique exécuteur testamentaire de La Succession Francis Bacon par la Haute Cour de justice britannique en 1998.